DU Les agents infectieux à l'ère de la génomique : de la PCR aux applications du séquençage nouvelle génération (NGS)

Résumé

Diplôme Universitaire proposé par : UFR Médecine et Techniques Médicales de Nantes Université Public ciblé : Médecin ou pharmacien biologiste, infectiologue, interne, Dr Jr (disciplines biologiques/maladies infectieuses), ingénieur du domaine de la santé En savoir plus

Accéder aux sections de la fiche

Détails

Découvrir le diplôme

Informations pratiques

  • Prochaine rentrée : janvier 2025
  • Ouverture inscriptions : juin 2024
  • Lieu : Nantes
  • Tarif : 1750 €
    Soumis à validation des instances de Nantes Université
Se renseigner :
Eva JOLIVET - Tel. 02 72 64 11 33
du.agents-infectieux@univ-nantes.fr

Conditions d'accès

  • Sur dossier de candidature accompagné d’un CV, d’une lettre de motivation et de la copie des diplômes requis
  • Consulter le calendrier de dépôt des candidatures et créer son dossier en ligne

Présentation

Visuel-illustration-DU-Agents-infectieux Les outils de diagnostic moléculaire occupent une place croissante dans les laboratoires de diagnostic des agents infectieux. Parallèlement, les applications de séquençage à haut débit (Next-Generation-Sequencing - NGS), bien que plus récentes, sont en plein essor et font progressivement évoluer les pratiques. Ces nouvelles approches sont nécessaires pour faire face aux défis permanents posés par les maladies infectieuses et constituent aussi un levier important pour la recherche en santé..

Le Diplôme Universitaire "Les agents infectieux à l'ère de la génomique : de la PCR aux applications du séquençage nouvelle génération (NGS)" vise à former les apprenants aux techniques génomiques disponibles pour le diagnostic et l’épidémiologie des maladies infectieuses (bactériennes, virales, fongiques et parasitaires) afin de faciliter leur implémentation dans les laboratoires de biologie médicale et le montage de projets de recherche.

L'un des atouts de cette formation est d'offrir aux apprenants une approche et des enseignements pluridisciplinaires en faisant intervenir un grand nombre d'experts référents dans leur domaine travaillant au sein de laboratoires hospitaliers, spécialisés dans l’ensemble des domaines des maladies infectieuses (bactériennes, fongiques, virales et parasitaires), d’instituts de recherches ou issus des Centres Nationaux de Référence.

Objectifs

À l’issue de cette formation, les apprenants seront capables de :
 
  • Proposer un diagnostic moléculaire en infectiologie
  • Interpréter les résultats d’un diagnostic moléculaire dans le domaine des maladies infectieuses
  • Mettre en place une PCR à visée diagnostique
  • Analyser des séquences nucléotidiques afin, par exemple, d’identifier un agent infectieux, des facteurs de virulence ou des mutations associées à un phénotype de résistance aux anti-infectieux
  • Mettre en place une méthode de génotypage et en interpréter les résultats
  • Connaître les principes du NGS et ses applications (identification des agents infectieux, étude des facteurs de virulence, résistance aux anti-infectieux, épidémiologie moléculaire, étude des microbiotes...)

Lieux

Les sessions de formation se déroulent sur le site Centre-Loire de Nantes Université - UFR des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques

Responsable(s) de la formation

Pr Florent MORIO - PU-PH en parasitologie et mycologie médicale, Nantes Université, UFR de Médecine - CHU de Nantes

Coordinateur pédagogique
Pr Stéphane CORVEC - PU-PH en bactériologie, Nantes Université, UFR de Médecine - CHU de Nantes
 

 

Admission

Pré-requis

Formation(s) requise(s)

Être titulaire d'un :
  • D.E.S de biologie médicale ou en cours de formation
  • D.E.S maladies infectieuses et tropicales ou en cours de formation
  • D.E.S de Docteur en médecine  
  • Master 2 Ingénierie pharmaceutique
  • Master 2 Recherche clinique

Public ciblé

  • Médecins ou pharmaciens biologistes en vue d’une qualification supplémentaire, infectiologues
  • Internes et Docteurs juniors des disciplines biologiques et en maladies infectieuses
  • Ingénieurs du domaine de la santé

Programme

Contenu de la formation

Module 1 - Socle de connaissances générales (PCR, extraction et séquençage Sanger) : principes, difficultés et enjeux
  • Organisation cellulaire et génomique, particularités et taxonomie des agents infectieux
  • Principes des méthodes d'extraction des acides nucléiques
  • Techniques d'amplification/détection de l'ADN/ARN
  • Séquençage Sanger
  • Outils d'analyse bio-informatique
  • Mise en place et organisation d’un secteur de biologie moléculaire
♦ Travaux dirigés ♦
Design d'amorces et sondes PCR, analyse de séquences d'ADN
 
Module 2 - Diagnostic moléculaire des agents infectieux : éventail des techniques disponibles en 2023
  • État des lieux des applications de diagnostic moléculaire en Bactériologie
  • Diagnostic moléculaire des méningites bactériennes
  • Diagnostic moléculaire de la Légionellose
  • Identification moléculaire en bactériologie
  • Diagnostic moléculaire des mycobactéries
  • État des lieux des applications de diagnostic moléculaire en Virologie
  • Suivi des infections virales chroniques (VIH, VHB, VHC)
  • Diagnostic des infections respiratoires virales
  • Suivi des infections virales post-transplantation (CMV, EBV)
  • État des lieux des applications de diagnostic moléculaire en Mycologie
  • Diagnostic de la pneumocystose
  • Diagnostic moléculaire des infections invasives à moisissures
  • Identification moléculaire des champignons
  • État des lieux des applications de diagnostic moléculaire en Parasitologie et Entomologie
  • Diagnostic moléculaire du paludisme
  • Diagnostic moléculaire de la toxoplasmose (dont DPN)
  • Diagnostic moléculaire des parasitoses digestives
Module 3 - Séquençage nouvelle génération (NGS) : principes, étapes et applications
  • Les différentes technologies : avantages et limites, critères de choix
  • Les étapes d’un projet NGS - Préparation des échantillons et librairies
  • Les étapes d’un projet NGS - Analyse des données (pipeline et outils disponibles, difficultés)
  • Analyse des données de NGS - Présentation de la plateforme Galaxy
  • Analyse des données de NGS - Présentation d'une solution commerciale
♦ Travaux dirigés ♦
- Assemblage de génomes (procaryote, eucaryote)
- Génomique comparative, recherche de variants en microbiologie  

♦ Conférences ♦
- Paléomicrobiologie (Pr Philippe BIAGINI, Aix-Marseille Université)
- Le virome humain
 
Module 4 - Épidémiologie moléculaire des agents infectieux
  • Pourquoi et comment ? Principe des outils disponibles, avantage et limites
  • État des lieux en Bactériologie
  • Typage de Clostridium (RAPD)
  • Typage de Cutibacterium acnes (MLST, SLST et autres)
  • Applications de l'électrophorèse en champ pulsé
  • WGS et infections bactériennes
  • Etat des lieux en Virologie
  • Génotypage des papillomavirus (HPV)
  • Investigation de clusters de transmission, exemple du VIH
  • État des lieux en Mycologie
  • Investigation d'épidémies de pneumocystose en unité de soins
  • Investigation de cas groupés d'infections à Candida parapsilosis
  • État des lieux en Parasitologie
  • Apport des marqueurs microsatellites pour l'étude de diversité et virulence de Toxoplasma gondii
♦ Conférences ♦
- Les bactéries comme traceurs des migrations humaines (Pr Thierry WIRTH, Muséum National d'Histoire Naturelle – EPHE, Paris)
- Apport de l'épidémiologie moléculaire à l'exploration d'un nouveau foyer de bilharziose : exemple de la Corse (Pr Antoine BERRY, Université de Toulouse)
 
Module 5 - Métagénomique en infectiologie
  • Introduction à la métagénomique
  • Microbiome pulmonaire bactérien au cours de la mucoviscidose
  • Mycobiome pulmonaire au cours de la mucoviscidose
  • Impact des thérapeutiques sur le microbiote bactérien : exemples des chimiothérapies et des antibiotiques
  • Impact des thérapeutiques sur le microbiote fongique : exemple des antibiotiques
  • Le Mycobiome : état des connaissances
  • Exploration du microbiome cutané : de l'homéostasie aux pathologies chroniques
  • Microbiome vaginal
  • La métagénomique comme outil de diagnostic de recours des infections fongiques
  • Apport de la métagénomique pour le diagnostic des encéphalites infectieuses
  • Visite plateforme NGS/Sanger (en petits groupes)

Responsable pédagogique

  • Pr Florent MORIO - PU-PH en parasitologie et mycologie médicale, Nantes Université, UFR de Médecine - CHU de Nantes

Coordinateur pédagogique

  • Pr Stéphane CORVEC - PU-PH en bactériologie, Nantes Université, UFR de Médecine - CHU de Nantes

Intervenants experts

Nantes Université : Audrey BIHOUÉE, Céline BRESSOLLETTE, Stéphane CORVEC, Lise CRÉMET, Elisabeth GARNIER, Berthe-Marie IMBERT, Rose-Anne LAVERGNE, Sarah MARCHAND, Lenha MOBUCHON, Emmanuel MONTASSIER, Florent MORIO, Audrey RODALLEC

Hors Nantes Université : Alexandre ALANIO, Cécile ANGEBAULT, Alexandra AUBRY, Frédéric BARBUT, Antoine BERRY, Philippe BIAGINI, Françoise BOTTEREL, Marie-Elisabeth BOUGNOUX, Anthony BRETAUDEAU, Sylvain BRISSE, Vincent CATTOIR, Damien COSTA, Frédéric DALLE, Laurence DELHAES, Sarah DELLIÈRE, Marie DESNOS-OLLIVIER, Élodie DUBUS, Catherine DUNYACH-REMY, Vanessa ESCURET, Arnaud FEKKAR, Pierre-Edouard FOURNIER, Dea GARCIA-HERMOSO, Geneviève HERY-ARNAUD, Sandrine HOUZE, Hervé JACQUIER, Sophie JARRAUD, Laurence JOSSET, Solene LE GAL, Jérôme LE GOFF, Quentin LE HINGRAT, Laurence MILLON, Jean Luc PRETET, Jacques RAVEL, Stéphanie ROBIN, Christophe RODRIGUEZ, Étienne RUPPE, Maud SALMONA, Yvon STERKERS, Muhamed-Kheir TAHA, Thierry WIRTH

Compatibilité avec une activité professionnelle

Durée totale de la formation : 101 heures
  • Formation en présentiel : 101 h
4 sessions de 3 jours les mercredi, jeudi et vendredi - 1 session de 2,5 jours
  • Formation à distance : sans objet
  • Stage : sans objet

Un diplôme universitaire sera délivré après validation des épreuves suivantes :
  • Contrôle continu à la fin de chaque module
  • Épreuve écrite finale
  • Soutenance d’un mémoire court (25 pages maximum / 15 minutes)
modalités en cours de révision

Et après ?

Poursuites d'études

Le service Formation Continue du Pôle Santé de Nantes Université vous propose une offre large et variée Voir l'offre

Inscriptions

Coût de la formation

  • 1750 € (droits annexes inclus)
    Soumis à validation des instances de Nantes Université
Abattement pour les internes > nous consulter

Modalités d'inscription

Modalités d'accès
  • Sur dossier de candidature accompagné d’une lettre de motivation, d’un CV et de la copie des diplômes requis
  • Sur entretien si la commission de recrutement l’estime nécessaire
Délais d'accès et inscription
Consulter le calendrier de dépôt des candidatures et créer son dossier sur la plateforme de candidature en ligne


Accéder à la plateforme de candidature

 

Contacts

Renseignement
Eva JOLIVET
Tel. 02 72 64 11 33
du.agents-infectieux@univ-nantes.fr

UFR de Médecine et des techniques médicales
Rue Gaston Veil
44035 Nantes CEDEX 1


Formation Continue - Pôle Santé
Nantes Université, campus Centre-Loire
Bâtiment Bias 2 - 1er étage
10 rue Bias - BP 61112 - 44035 Nantes Cedex 1

Tél. : 02 53 48 47 47
du lundi au vendredi
de 9h à 12h30 et de 14h à 17h


Pour que nous puissions vous recontacter

Ce champ est facultatif. Si vous ne le remplissez pas, la question donnée en exemple ci-dessus sera envoyée.

saisir le code présent dans l'image

Envoi du message…

Votre message a été envoyé.

Une erreur est survenue pendant l'envoi de la question. Essayez de nous contacter par téléphone.

Mis à jour le 05 juillet 2024.
https://sante.univ-nantes.fr/loffre-de-formation/formation-continue/les-agents-infectieux-a-lere-de-la-genomique