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DU Les agents infectieux à l'ère de la génomique : de la PCR aux applications du séquençage nouvelle génération (NGS)
Résumé
Diplôme Universitaire proposé par : UFR Médecine et Techniques Médicales de Nantes Université Public ciblé : Médecin ou pharmacien biologiste, infectiologue, interne, Dr Jr (disciplines biologiques/maladies infectieuses), ingénieur du domaine de la santé En savoir plusAccéder aux sections de la fiche
Détails
Informations pratiques
- Prochaine rentrée : janvier 2025
- Ouverture inscriptions : juin 2024
- Lieu : Nantes
- Tarif : 1750 €
Claudette FEVRE - Tel. 02 72 64 11 33
du.agents-infectieux@univ-nantes.fr
Présentation
Les outils de diagnostic moléculaire occupent une place croissante dans les laboratoires de diagnostic des agents infectieux. Parallèlement, les applications de séquençage à haut débit (Next-Generation-Sequencing - NGS), bien que plus récentes, sont en plein essor et font progressivement évoluer les pratiques. Ces nouvelles approches sont nécessaires pour faire face aux défis permanents posés par les maladies infectieuses et constituent aussi un levier important pour la recherche en santé..Le Diplôme Universitaire "Les agents infectieux à l'ère de la génomique : de la PCR aux applications du séquençage nouvelle génération (NGS)" vise à former les apprenants aux techniques génomiques disponibles pour le diagnostic et l’épidémiologie des maladies infectieuses (bactériennes, virales, fongiques et parasitaires) afin de faciliter leur implémentation dans les laboratoires de biologie médicale et le montage de projets de recherche.
L'un des atouts de cette formation est d'offrir aux apprenants une approche et des enseignements pluridisciplinaires en faisant intervenir un grand nombre d'experts référents dans leur domaine travaillant au sein de laboratoires hospitaliers, spécialisés dans l’ensemble des domaines des maladies infectieuses (bactériennes, fongiques, virales et parasitaires), d’instituts de recherches ou issus des Centres Nationaux de Référence.
Intervenants experts
Nantes Université : Audrey BIHOUÉE, Céline BRESSOLLETTE, Stéphane CORVEC, Lise CRÉMET, Elisabeth GARNIER, Berthe-Marie IMBERT, Rose-Anne LAVERGNE, Lenha MOBUCHON, Emmanuel MONTASSIER, Florent MORIO, Audrey RODALLECHors Nantes Université : Alexandre ALANIO, Carolina ALVES COSTA SILVA, Cécile ANGEBAULT, Alexandra AUBRY, Frédéric BARBUT, Antoine BERRY, Philippe BIAGINI, Françoise BOTTEREL, Marie-Elisabeth BOUGNOUX, Ignacio BRAVO, Anthony BRETAUDEAU, Sylvain BRISSE, Vincent CATTOIR, Laurence DELHAES, Sarah DELLIÈRE, Marie DESNOS-OLLIVIER, Élodie DUBUS, Catherine DUNYACH-REMY, Vanessa ESCURET, Arnaud FEKKAR, Pierre-Edouard FOURNIER, Dea GARCIA-HERMOSO, Geneviève HERY-ARNAUD, Sandrine HOUZE, Hervé JACQUIER, Sophie JARRAUD, Laurence JOSSET, Solene LE GAL, Jérôme LE GOFF, Quentin LE HINGRAT, Aurélien MERCIER, Laurence MILLON, Jean Luc PRETET, Jacques RAVEL, Stéphanie ROBIN, Christophe RODRIGUEZ, Étienne RUPPE, Maud SALMONA, Yvon STERKERS, Muhamed-Kheir TAHA, Thierry WIRTH
Objectifs
À l’issue de cette formation, les apprenants seront capables de :
- Proposer un diagnostic moléculaire en infectiologie
- Interpréter les résultats d’un diagnostic moléculaire dans le domaine des maladies infectieuses
- Mettre en place une PCR à visée diagnostique
- Analyser des séquences nucléotidiques afin, par exemple, d’identifier un agent infectieux, des facteurs de virulence ou des mutations associées à un phénotype de résistance aux anti-infectieux
- Mettre en place une méthode de génotypage et en interpréter les résultats
- Connaître les principes du NGS et ses applications (identification des agents infectieux, étude des facteurs de virulence, résistance aux anti-infectieux, épidémiologie moléculaire, étude des microbiotes...)
Lieux
Les sessions de formation se déroulent sur le site Centre-Loire de Nantes Université - UFR des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques
Responsable(s) de la formation
Pr Florent MORIO - PU-PH en parasitologie et mycologie médicale, Nantes Université, UFR de Médecine - CHU de Nantes
Coordinateur pédagogique
Pr Stéphane CORVEC - PU-PH en bactériologie, Nantes Université, UFR de Médecine - CHU de Nantes
Coordinateur pédagogique
Pr Stéphane CORVEC - PU-PH en bactériologie, Nantes Université, UFR de Médecine - CHU de Nantes
Admission
Pré-requis
Formation(s) requise(s)
Être titulaire d'un :
- D.E.S de biologie médicale ou en cours de formation
- D.E.S maladies infectieuses et tropicales ou en cours de formation
- D.E.S de Docteur en médecine
- Master 2 Ingénierie pharmaceutique
- Master 2 Recherche clinique
Public ciblé
- Médecins ou pharmaciens biologistes en vue d’une qualification supplémentaire, infectiologues
- Internes et Docteurs juniors des disciplines biologiques et en maladies infectieuses
- Ingénieurs du domaine de la santé
Programme
Contenu de la formation
Module 1 - Socle de connaissances générales (PCR, extraction et séquençage Sanger) : principes, difficultés et enjeux
- Organisation cellulaire et génomique, particularités et taxonomie des agents infectieux
- Principes des méthodes d'extraction des acides nucléiques
- Techniques d'amplification/détection de l'ADN/ARN
- Séquençage Sanger
- Outils d'analyse bio-informatique
- Mise en place et organisation d’un secteur de biologie moléculaire
Design d'amorces et sondes PCR, analyse de séquences d'ADN
Module 2 - Diagnostic moléculaire des agents infectieux : éventail des techniques disponibles en 2023
- État des lieux des applications de diagnostic moléculaire en Bactériologie
- Diagnostic moléculaire des méningites bactériennes
- Diagnostic moléculaire de la Légionellose
- Identification moléculaire en bactériologie
- Diagnostic moléculaire des mycobactéries
- État des lieux des applications de diagnostic moléculaire en Virologie
- Suivi des infections virales chroniques (VIH, VHB, VHC)
- Diagnostic des infections respiratoires virales
- Suivi des infections virales post-transplantation (CMV, EBV)
- État des lieux des applications de diagnostic moléculaire en Mycologie
- Diagnostic de la pneumocystose
- Diagnostic moléculaire des infections invasives à moisissures
- Identification moléculaire des champignons
- État des lieux des applications de diagnostic moléculaire en Parasitologie et Entomologie
- Diagnostic moléculaire du paludisme
- Diagnostic moléculaire de la toxoplasmose (dont DPN)
- Diagnostic moléculaire des parasitoses digestives
Module 3 - Séquençage nouvelle génération (NGS) : principes, étapes et applications
- Les différentes technologies : avantages et limites, critères de choix
- Les étapes d’un projet NGS - Préparation des échantillons et librairies
- Les étapes d’un projet NGS - Analyse des données (pipeline et outils disponibles, difficultés)
- Analyse des données de NGS - Présentation de la plateforme Galaxy
- Analyse des données de NGS - Présentation d'une solution commerciale
- Assemblage de génomes (procaryote, eucaryote)
- Génomique comparative, recherche de variants en microbiologie
♦ Conférences ♦
- Paléomicrobiologie (Pr Philippe BIAGINI, Aix-Marseille Université)
- Évolution génétique du SARS-CoV2 (Dr Laurence JOSSET, CNR des Virus des Infections Respiratoires, Lyon)
Module 4 - Épidémiologie moléculaire des agents infectieux
- Pourquoi et comment ? Principe des outils disponibles, avantage et limites
- État des lieux en Bactériologie
- Typage de Clostridium (RAPD)
- Typage de Cutibacterium acnes (MLST, SLST et autres)
- Applications de l'électrophorèse en champ pulsé
- WGS et infections bactériennes
- Etat des lieux en Virologie
- Génotypage des papillomavirus (HPV)
- Investigation de clusters de transmission, exemple du VIH
- État des lieux en Mycologie
- Investigation d'épidémies de pneumocystose en unité de soins
- Investigation de cas groupés d'infections à Candida parapsilosis
- État des lieux en Parasitologie
- Apport des marqueurs microsatellites pour l'étude de diversité et virulence de Toxoplasma gondii
- Les bactéries comme traceurs des migrations humaines (Pr Thierry WIRTH, Muséum National d'Histoire Naturelle – EPHE, Paris)
- Apport de l'épidémiologie moléculaire à l'exploration d'un nouveau foyer de bilharziose : exemple de la Corse (Pr Antoine BERRY, Université de Toulouse)
Module 5 - Métagénomique en infectiologie
- Introduction à la métagénomique
- Microbiome pulmonaire bactérien au cours de la mucoviscidose
- Mycobiome pulmonaire au cours de la mucoviscidose
- Impact des thérapeutiques sur le microbiote bactérien : exemples des chimiothérapies et des antibiotiques
- Impact des thérapeutiques sur le microbiote fongique : exemple des antibiotiques
- Le Mycobiome : état des connaissances
- Exploration du microbiome cutané : de l'homéostasie aux pathologies chroniques
- Microbiome vaginal
- La métagénomique comme outil de diagnostic de recours des infections fongiques
- Apport de la métagénomique pour le diagnostic des encéphalites infectieuses
- Visite plateforme NGS/Sanger (en petits groupes)
- Microbiote et Cancer (Dr Carolina ALVES COSTA SILVA, Institut Gustave Roussy, Paris)
- Évaluation génétique des Papillomavirus (Dr Ignacio BRAVO, Institut de Recherche pour le Développement, IRD, Montpellier)
Équipe pédagogique
Responsable pédagogique
- Pr Florent MORIO - PU-PH en parasitologie et mycologie médicale, Nantes Université, UFR de Médecine - CHU de Nantes
- Pr Stéphane CORVEC - PU-PH en bactériologie, Nantes Université, UFR de Médecine - CHU de Nantes
- Dr Céline BRESSOLLETTE, MCU-PH en virologie, Nantes Université - CHU de Nantes
- Dr Rose-Anne LAVERGNE, MCU-PH en parasitologie et mycologie, Nantes Université - CHU de Nantes
- Mme Lenha MOBUCHON, Ingénieur-PhD, Responsable plateforme biologie moléculaire et séquençage - CHU de Nantes
Rythme
Compatibilité avec une activité professionnelle
Durée totale de la formation : 101 heures
- Formation en présentiel : 101 h
- Formation à distance : sans objet
- Stage : sans objet
Évaluation
Un diplôme universitaire sera délivré après validation des épreuves suivantes :
- Contrôle continu à la fin de chaque module
- Épreuve écrite finale
- Soutenance d’un mémoire court (25 pages maximum / 15 minutes)
Et après ?
Poursuites d'études
Le service Formation Continue du Pôle Santé de Nantes Université vous propose une offre large et variée Voir l'offre
Inscriptions
Coût de la formation
- 1750 € (droits annexes inclus)
Modalités d'inscription
Modalités d'accès
Consulter le calendrier de dépôt des candidatures et créer son dossier sur la plateforme de candidature en ligne
- Sur dossier de candidature accompagné d’une lettre de motivation, d’un CV et de la copie des diplômes requis
- Sur entretien si la commission de recrutement l’estime nécessaire
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Mis à jour le 26 mars 2024.